區域經濟發展和區域環境容量不相適應，也是造成水環境污染的重要原因。以往在確定地區產業發展方向、地區生產力布局時，河水處理設備往往忽視區域環境容量。我國主要江河出現的嚴重流域性水污染，在很大程度上與流域產業結構和布局不合理有直接關系。
淮河流域四省自80.年代初開始，利用當地資源，大力發展高耗水的化工、造紙、制革、火電、食品等小型工業，污染物排放量超過了淮河的承載能力，使淮河流域水質急劇惡化;由于缺乏科學認證和科學管理，一些缺水地區盲目發展高耗水型工業，造成地下水位下降;一些資源豐富的地區發展單一的資源型產業，河水處理設備不發展與之相配套的加工業，產業結構雷同，形成嚴重的結構型污染。
自然因素的影響在一定程度上加重了水環境問題的惡化，增加了水污染防治的難度。近年來，由于氣候變化引起全球溫度、濕度、降水量的分布變化，使一些國家和地區的災害頻發。我國北方地區氣候也明顯變暖，華北地區冬季平均氣溫90年代比50年代上升2.1℃。氣溫上升，地表徑流減少，蒸發量增大，發生旱災的機會增多。1997年我國北方地區受厄爾尼諾現象的影響，降水量異常偏少，溫度偏高，海河水資源量只有多年平均量的40%;黃河水資源量為多年平均量的61%。由于河道徑流減少，水體自凈能力下降，河水處理設備加劇了水環境惡化。1998年受厄爾尼諾現象影響，長江中下游、嫩江、松花江流域降水量偏多，導致特大洪水災害的發生。
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