預處理的目的是去除水中所含的懸浮物、膠體、高分子有機物等雜質。需要指出的是，活性炭對去除TOC有非常好的效果，但它也往往成為微生物的滋生地。因此，在預處理系統中采用活性炭處理單元時，應將活性炭處理單元的進水調成酸性，以防止微生物滋生。
在超純水設備的一次純水處理系統中，往往要使用反滲透裝置(RO)，且反滲透膜多以交聯芳香族聚酰胺復合膜為主，這類膜的不足之處在于：抗氧化性差，氧化性物質能導致膜聚合物分解，而活性炭恰恰對水中余氯、過氧水等氧化性物質有良好的去除效果。因此，在超大規模集成電路超純水設備的預處理系統中采用活性炭處理單元是十分必要的。
當了解了超純水中雜質對器件的影響后，如何確定超純水系統流程以保證生產設備對超純水水質的要求就成為超純水系統所要解決的首要問題。集成電路工廠的純水制備系統應根據原水水質及工藝生產設備要求的超純水水質來確定，一般由下列4部分組成：預處理系統、一次純水處理系統、超純水制取系統、回收水系統。
超大規模集成電路清洗設備要求的水質幾乎均為超純水，這些清洗設備用水點的排水幾乎全部可以回收，經回收處理后的水一部分可以作為冷卻塔和廢氣洗滌塔的補水，另一部分可以與超純水制備預處理系統的出水一起進入預處理水池，作為超純水制備的補充水。目前，在實際工程中，水的回收率可以達到70%。要使回收水系統達到良好的處理效果，除了需要確定合理的處理流程外，生產設備排水的分類收集也是非常重要的，這樣做，可以防止高濃度TOC和其他不純物質進入回收水系統。
一次純水處理系統的目的是對預處理系統的出水進一步進行處理，代表性的裝置有反滲透、混合離子交換、一級膜脫氣、EDI(電再生脫鹽)、UV(紫外線)、一級拋光等。其中，反滲透、UV進一步去除一次純水處理系統遺留下來的TOC;混合離子交換既可去除一次純水處理系統遺留下來的TOC，也可去除SiO2;利用膜脫氣對預處理水中的溶解氧進行處理;一級拋光采用高純樹脂，用來處理金屬離子。
超純水制取系統是為了去除一次純水處理系統中殘留的微量雜質而設置的，值得注意的是，超純水制取系統在去除水中各種雜質的同時，如何保證去除設備因自身材質而引起的污染應引起人們的高度關注。
也就是說，一個完整的超純水系統，不但要有合理的制水流程，而且還要對每個處理設備自身的微量溶出問題進行研究。此外，超純水的輸送方法，配管、閥門材質的選定也應引起人們的高度重視。
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